基于微生物局域互作的随机性群落组装可解释性研究

讲座题目：基于微生物局域互作的随机性群落组装可解释性研究

讲座时间 Datetime:2026年9月19日，周六，15：00 - 16：00

地点 Venue: 海琴2号A455

主持人 Host：田仁浩博士后

报告人 Speaker: 余仲副教授

单位 Affiliation:中山大学环境科学与工程学院

报告摘要：

随着单细胞组学和生态学的发展，微生物个体层面的相互作用对群落组装的作用日益受到学界重视。与传统生态位理论有关互作确定性作用的论述相异，研究发现微生物个体的局域互作会导致随机性的群落组装。因此，本研究假设目前学界利用基于传统生态位理论零模型预测的物种迁移、出生死亡的随机群落组装过程，实为个体局域互作产生的一种统计现象。为了验证这一假设，本研究通过结合传统零模型思想和围棋盘模型，开发了一款R包Microbiota Assembly Prediction via the Go-board Model (MicroAPGbM)以预测微生物个体局域互作对群落变化的可解释度（即相对重要性）。研究发现，由于难以穷举零分布的所有棋局，朴素MicroAPGbM并不能成功解释模拟样品中的局域互作过程。为了解决这一统计难题，我们在朴素MicroAPGbM的基础上引入了一种近似贝叶斯计算-马尔科夫链蒙特卡罗（ABC-MCMC）过程，优化了模型在预测模拟群落组装过程时的真阳性和假阳性率。基于此，我们利用MCMC-MicroAPGbM分析了实际污水处理厂活性污泥的核心群落组装过程，发现微生物局域互作可以保守解释68.48%的群落差异，而无需引入传统生态位理论的物种迁移、出生死亡假设。我们相信MCMC-MicroAPGbM可为不同领域的微生物群落组装研究提供一种新的理论解释。

报告人简介：

余仲：副教授。博士毕业于中山大学，长期专注于复杂微生物群落的生态相原理、种间关系动态和微生物代谢机制研究，并获得了国家自然科学基金面上项目、青年基金等的资助。申请人在近五年共发表论文25篇，其中以第一作者或通讯作者在环境领域Environmental Science & Technology、Water Research，以及微生物领域ISME Communications、Applied and Environmental Microbiology等权威期刊发表论文多篇。目前，余仲博士入选The ISME Journal和ISME Communication的Early Career Scientist Reviewer Pool,并担任Engineering Microbiology青年编委。